GitHub Pagesを利用する上で、公式ドキュメントやいろんな人のブログを読みつつ、自分で試行錯誤した結果を残しておきます。

GitHub Pagesの始め方　個人的なおすすめ

• {user}.github.ioリポジトリを作る
• {user}.github.ioリポジトリには直接Custom Domainを割り当てない

{user}.github.ioリポジトリを作成すると、自動的にREADMEファイルが https://meganii.github.io/ として公開されます。

独自ドメインのブログをGitHub Pagesで公開する場合、この{user}.github.ioに直接ブログを配置できます。 しかし、{user}.github.ioに直接独自ドメインを割り当てた場合、次に新しく作成したリポジトリをGitHub Pagesで公開する場合に困ったことが発生します。

例えばrepoAというリポジトリを作成し公開設定を行うことを考えてみます。 この場合、既に{user}.github.ioに独自ドメインが割り当たっているため、{CustumDomain}/repoAでアクセスできるようになります。 この動作がよい場合もありますが、GitHub Pagesで複数ドメインを利用する場合、この方法は向いていません。 （1つのGitHubアカウントに対して1つの独自ドメインしか割り当てられなくなるため）

よって、GitHub Pagesで複数ドメインを利用する場合は次の点が大切です。

• {user}.github.ioリポジトリに直接独自ドメイン（Sustom Domain）の設定をしない
• {user}.github.io以外の個別のリポジトリに対して独自ドメイン（Custom Domin）を設定する

参考

• GitHub Pagesで複数の独自ドメインのHTTPS(TLS,SSL)サイトを運用する - このすみろぐ
• GitHub PagesからNetlifyに変更した3つの理由 | よしかわーるど